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calcoloscientifico:userguide:gromacs

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calcoloscientifico:userguide:gromacs [21/09/2023 18:29] – fabio.spatarocalcoloscientifico:userguide:gromacs [25/09/2023 13:12] (versione attuale) – fabio.spataro
Linea 21: Linea 21:
  
 ^ Gromacs  ^ Plumed  ^ Compiler   ^ MPI             ^ CUDA SDK  ^ CUDA RTL  ^ CUDA Architectures  ^ ^ Gromacs  ^ Plumed  ^ Compiler   ^ MPI             ^ CUDA SDK  ^ CUDA RTL  ^ CUDA Architectures  ^
-| 4.5.7    | 2.3.2   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | +| 4.5.7    |         | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | 
-| 5.1.4    | 2.3.2   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | +| 5.1.4    | 2.3.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | 
-| 5.1.5    | 2.3.2   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | +| 5.1.5    | 2.3.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | 
-| 2016.4   | 2.3.5   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 8.0.61.2  | 8.0.61.2  | 6.0                 | +| 2016.4   | 2.3.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2016.6   | 2.4.6   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 8.0.61,2  | 8.0.61.2  | 6.0                 | +| 2016.6   | 2.3.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2018.6   | 2.4.6   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | +| 2018.6   | 2.4.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2018.6   | 2.4.6   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | +| 2018.6   | 2.4.8   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2018.8   | 2.4.6   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | +| 2018.8   | 2.4.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2018.8   | 2.4.6   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | +| 2018.8   | 2.4.8   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2019.4   | 2.5.3   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | +| 2019.4   | 2.8.3   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2019.4   | 2.5.3   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | +| 2019.4   | 2.8.3   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2019.6   | 2.5.3   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | +| 2019.6   | 2.8.3   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2019.6   | 2.5.3   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | +| 2019.6   | 2.8.3   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2020.7   | 2.7.3   | GNU 8.3.0  | OpenMPI 3.1.6   | 11.6.0    | 11.6.0    | 6.0, 7.0, 8.0       | +| 2020.7   | 2.8.3   | GNU 8.3.0  | OpenMPI 3.1.6   | 12.0.0    | 12.0.0    | 6.0, 7.0, 8.0       | 
-| 2021.4   | 2.7.3   | GNU 8.3.0  | OpenMPI 3.1.6   | 11.6.0    | 11.6.0    | 6.0, 7.0, 8.0       | +| 2021.4   | 2.8.3   | GNU 8.3.0  | OpenMPI 3.1.6   | 12.0.0    | 12.0.0    | 6.0, 7.0, 8.0       | 
-| 2021.7   | 2.7.3   | GNU 8.3.0  | OpenMPI 3.1.6   | 11.6.0    | 11.6.0    | 6.0, 7.0, 8.0       |+| 2021.7   | 2.8.3   | GNU 8.3.0  | OpenMPI 3.1.6   | 12.0.0    | 12.0.0    | 6.0, 7.0, 8.0       |
 | 2022.6   | 2.8.3   | GNU 8.3.0  | OpenMPI 3.1.6   | 12.0.0    | 12.0.0    | 6.0, 7.0, 8.0       | | 2022.6   | 2.8.3   | GNU 8.3.0  | OpenMPI 3.1.6   | 12.0.0    | 12.0.0    | 6.0, 7.0, 8.0       |
  
Linea 61: Linea 61:
 | 2016.4   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | gpu     | 2016.4-gpu  | | 2016.4   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | gpu     | 2016.4-gpu  |
 | 2016.4   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | knl     | 2016.4-knl  | | 2016.4   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | knl     | 2016.4-knl  |
 +| 2016.4   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | skl     | 2016.4-skl  |
 | 2016.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | bdw     | 2016.6-bdw  | | 2016.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | bdw     | 2016.6-bdw  |
 | 2016.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | bdw     | 2016.6-cpu  | | 2016.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | bdw     | 2016.6-cpu  |
 | 2016.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | gpu     | 2016.6-gpu  | | 2016.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | gpu     | 2016.6-gpu  |
 | 2016.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | knl     | 2016.6-knl  | | 2016.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | knl     | 2016.6-knl  |
 +| 2016.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | skl     | 2016.6-skl  |
 | 2018.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | bdw     | 2018.6-bdw  | | 2018.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | bdw     | 2018.6-bdw  |
 | 2018.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | bdw     | 2018.6-cpu  | | 2018.6   | gnu/5.4.0 openmpi/1.10.7   | bdw     | 2018.6-cpu  |
Linea 127: Linea 129:
  
 <note> <note>
-Plumed ed CUDA modules are automatically loaded.+If required, the Plumed ed CUDA modules are automatically loaded.
 </note> </note>
  
Linea 188: Linea 190:
 #SBATCH --account=<account> #SBATCH --account=<account>
  
-test -n "$SLURM_NODELIST" || exit+shopt -q login_shell || exit 1 
 +test -n "$SLURM_NODELIST" || exit 1
  
 module load gnu module load gnu
Linea 221: Linea 224:
 #SBATCH --account=<account> #SBATCH --account=<account>
  
-test -n "$SLURM_NODELIST" || exit+shopt -q login_shell || exit 1 
 +test -n "$SLURM_NODELIST" || exit 1
  
 module load gnu module load gnu
Linea 234: Linea 238:
 gmx mdrun -deffnm topology -pin on -plumed plumed.dat gmx mdrun -deffnm topology -pin on -plumed plumed.dat
 </code> </code>
- 
-<note> 
-Plumed module is automatically loaded. 
-</note> 
  
 ==== Job Gromacs MPI OpenMP ====  ==== Job Gromacs MPI OpenMP ==== 
Linea 245: Linea 245:
 </note> </note>
  
-=== Gromacs 5.1.4 ===+=== Gromacs 5.1.5 ===
  
 Script ''mdrun-mpi-omp.sh'' to exclusively request one or more nodes (tested with --nodes=1 and --nodes=2) and start multiple MPI processes (tested with --ntasks-per-node=6 and --ntasks-per-node=8; the number of OpenMP threads will be calculated automatically if --cpus-per-task is not explicitly set): Script ''mdrun-mpi-omp.sh'' to exclusively request one or more nodes (tested with --nodes=1 and --nodes=2) and start multiple MPI processes (tested with --ntasks-per-node=6 and --ntasks-per-node=8; the number of OpenMP threads will be calculated automatically if --cpus-per-task is not explicitly set):
Linea 263: Linea 263:
 #SBATCH --account=<account> #SBATCH --account=<account>
  
-test -n "$SLURM_NODELIST" || exit+shopt -q login_shell || exit 1 
 +test -n "$SLURM_NODELIST" || exit 1
  
 module load gnu module load gnu
 module load openmpi module load openmpi
-module load gromacs/5.1.4-cpu+module load gromacs/5.1.5-cpu
  
 # Set OMP_NUM_THREADS to the same value as --cpus-per-task with a fallback in # Set OMP_NUM_THREADS to the same value as --cpus-per-task with a fallback in
Linea 309: Linea 310:
 #SBATCH --account=<account> #SBATCH --account=<account>
  
-test -n "$SLURM_NODELIST" || exit+shopt -q login_shell || exit 1 
 +test -n "$SLURM_NODELIST" || exit 1
  
 module load gnu module load gnu
Linea 358: Linea 360:
 #SBATCH --account=<account> #SBATCH --account=<account>
  
-test -n "$SLURM_NODELIST" || exit+shopt -q login_shell || exit 1 
 +test -n "$SLURM_NODELIST" || exit 1
  
 module load gnu7 module load gnu7
Linea 375: Linea 378:
 <note> <note>
 Plumed module is automatically loaded. Plumed module is automatically loaded.
-</note> 
- 
-<note> 
-Partition may be indifferently cpu or knl. 
 </note> </note>
  
Linea 398: Linea 397:
 #SBATCH --account=<account> #SBATCH --account=<account>
  
-test -n "$SLURM_NODELIST" || exit+shopt -q login_shell || exit 1 
 +test -n "$SLURM_NODELIST" || exit 1
  
 module load gnu8 module load gnu8
Linea 412: Linea 412:
 mpirun -np 9 gmx mdrun -deffnm meta -pin on -plumed plumed.dat mpirun -np 9 gmx mdrun -deffnm meta -pin on -plumed plumed.dat
 </code> </code>
- 
-<note> 
-Plumed module is automatically loaded. 
-</note> 
- 
-<note> 
-Partition may be indifferently cpu or knl. 
-</note> 
  
 ====  Job Gromacs OpenMP GPU ====  ====  Job Gromacs OpenMP GPU ==== 
Linea 441: Linea 433:
 #SBATCH --account=<account> #SBATCH --account=<account>
  
-test -n "$SLURM_NODELIST" || exit+shopt -q login_shell || exit 1 
 +test -n "$SLURM_NODELIST" || exit 1
  
 module load gnu module load gnu
Linea 454: Linea 447:
 gmx mdrun -deffnm topology -pin on -dlb auto -plumed plumed.dat gmx mdrun -deffnm topology -pin on -dlb auto -plumed plumed.dat
 </code> </code>
- 
-<note> 
-Plumed ed CUDA modules are automatically loaded. 
-</note> 
  
 ====  Job Gromacs MPI GPU ====  ====  Job Gromacs MPI GPU ==== 
Linea 479: Linea 468:
 #SBATCH --account=<account> #SBATCH --account=<account>
  
-test -n "$SLURM_NODELIST" || exit+shopt -q login_shell || exit 1 
 +test -n "$SLURM_NODELIST" || exit 1
  
 module load gnu7 module load gnu7
Linea 491: Linea 481:
 mpirun -np 4 gmx mdrun -deffnm meta -dlb auto -plumed plumed.dat mpirun -np 4 gmx mdrun -deffnm meta -dlb auto -plumed plumed.dat
 </code> </code>
- 
-<note> 
-Plumed ed CUDA modules are automatically loaded. 
-</note> 
  
 === Gromacs 2021.7 === === Gromacs 2021.7 ===
Linea 514: Linea 500:
 #SBATCH --account=<account> #SBATCH --account=<account>
  
-test -n "$SLURM_NODELIST" || exit+shopt -q login_shell || exit 1 
 +test -n "$SLURM_NODELIST" || exit 1
  
 module load gnu8 module load gnu8
calcoloscientifico/userguide/gromacs.1695313791.txt.gz · Ultima modifica: 21/09/2023 18:29 da fabio.spataro
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