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calcoloscientifico:userguide

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Linea 26: Linea 26:
 <note>The first connection with SSH must be made after activating the VPN</note> <note>The first connection with SSH must be made after activating the VPN</note>
  
-NOTE: Please, in scientific publications add: +<note> Please, in scientific publications add: "This research benefits from the High Performance Computing facility of the University of Parma, Italy (HPC.unipr.it)".</note>
- "This research benefits from the High Performance Computing facility of the University of Parma, Italy (HPC.unipr.it)" .+
  
  
Linea 93: Linea 92:
 **Computing nodes** **Computing nodes**
  
-^ Partition       ^ Node Name        ^ CPU Type                                  ^ HT   ^  #Cores ^  MEM (GB) ^ GPU                            ^       Total ^ Owner    ^ +^ Partition       ^ Node Name        ^ CPU Type                                  ^ HT   ^  #Cores ^  MEM (GB) ^ GPU                            ^      Total ^ Owner    ^ 
-| cpu             | wn01-wn08        | 2 Intel Xeon E5-2683v4 2.1GHz 16c         | NO   |      32 |       128 | 0                              |   256 cores | Public   | +| cpu             | wn01-wn08        | 2 Intel Xeon E5-2683v4 2.1GHz 16c         | NO   |      32 |       128 | 0                              |  256 cores | Public   | 
-| cpu             | wn11-wn14, wn17  | 2 Intel Xeon E5-2680v4 2.4GHz 14c         | NO   |      28 |       128 | 0                              |   140 cores | Public   | +| cpu             | wn11-wn14, wn17  | 2 Intel Xeon E5-2680v4 2.4GHz 14c         | NO   |      28 |       128 | 0                              |  140 cores | Public   | 
-| cpu             | wn18-wn19        | 4 Intel Xeon E5-6140 2.3GHz 18c           | NO   |      72 |       384 | 0                              |   144 cores | Public   | +| cpu             | wn18-wn19        | 4 Intel Xeon E5-6140 2.3GHz 18c           | NO   |      72 |       384 | 0                              |  144 cores | Public   | 
-| cpu             | wn33             | 2 Intel Xeon E5-2683v4 2.1GHz 16c         | NO   |      32 |      1024 | 0                              |    32 cores | Public   | +| cpu             | wn33             | 2 Intel Xeon E5-2683v4 2.1GHz 16c         | NO   |      32 |      1024 | 0                              |   32 cores | Public   | 
-| cpu             | wn34             | 4 Intel Xeon E7-8880v4 2.2GHz 22c         | NO   |      88 |      1024 | 0                              |    88 cores | Public   | +| cpu             | wn34             | 4 Intel Xeon E7-8880v4 2.2GHz 22c         | NO   |      88 |      1024 | 0                              |   88 cores | Public   | 
-| cpu             | wn35-wn36        | 4 Intel Xeon E5-6252n 2.3 GHz 24c         | NO   |      96 |       512 | 0                              |   192 cores | Public   | +| cpu             | wn35-wn36        | 4 Intel Xeon E5-6252n 2.3 GHz 24c         | NO   |      96 |       512 | 0                              |  192 cores | Public   | 
-| cpu             | wn80-wn95        | 2 AMD EPYC 7282 2.8 GHz 16c               | NO   |      32 |       256 | 0                              |   512 cores | Public   | +| cpu             | wn80-wn95        | 2 AMD EPYC 7282 2.8 GHz 16c               | NO   |      32 |       256 | 0                              |  512 cores | Public   | 
-| cpu             | wn96-wn98        | 2 AMD EPYC 7282 2.8 GHz 16c               | NO   |      32 |       512 | 0                              |    96 cores | Public   | +| cpu             | wn96-wn98        | 2 AMD EPYC 7282 2.8 GHz 16c               | NO   |      32 |       512 | 0                              |   96 cores | Public   | 
-| cpu_mm1         | wn20             | 4 Intel Xeon E5-6140 2.3GHz 18c           | NO   |      72 |       384 | 0                              |    72 cores | Private  | +| cpu_mm1         | wn20             | 4 Intel Xeon E5-6140 2.3GHz 18c           | NO   |      72 |       384 | 0                              |   72 cores | Private  | 
-| cpu_infn        | wn21             | 4 Intel Xeon E5-6140 2.3GHz 18c           | NO   |      72 |       384 | 0                              |    72 cores | Private  | +| cpu_mm1         | wn27-wn30        | 4 AMD EPYC 7413 2.65GHz 24c               | NO   |      24 |       192 | 0                              | 72 cores   | Private  | 
-| cpu_infn        | wn22             | 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c          | NO   |      64 |       384 | 0                              |    64 cores | Private  | +| cpu_infn        | wn21             | 4 Intel Xeon E5-6140 2.3GHz 18c           | NO   |      72 |       384 | 0                              |   72 cores | Private  | 
-| cpu_bioscienze  | wn23             | 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c          | NO   |      64 |       384 | 0                              |    64 cores | Private  | +| cpu_infn        | wn22             | 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c          | NO   |      64 |       384 | 0                              |   64 cores | Private  | 
-| cpu_mmm         | wn24-wn25        | 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c          | NO   |      64 |       384 | 0                              |   128 cores | Private  | +| cpu_bioscienze  | wn23             | 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c          | NO   |      64 |       384 | 0                              |   64 cores | Private  | 
-| cpu_dsg         | wn26             | 2 Intel Xeon Silver 4316 CPU 2.3 GHz 20c  | NO   |      40 |       512 | 0                              |    40 cores | Private  | +| cpu_mmm         | wn24-wn25        | 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c          | NO   |      64 |       384 | 0                              |  128 cores | Private  | 
-| cpu_guest       | wn20-wn21        | 4 Intel Xeon E5-6140 2.3 GHz 18c          | NO   |      72 |       384 | 0                              |   144 cores | Guest    | +| cpu_dsg         | wn26             | 2 Intel Xeon Silver 4316 CPU 2.3 GHz 20c  | NO   |      40 |       512 | 0                              |   40 cores | Private  | 
-| cpu_guest       | wn22-wn25        | 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c          | NO   |      64 |       384 | 0                              |   256 cores | Guest    | +| cpu_guest       | wn20-wn21        | 4 Intel Xeon E5-6140 2.3 GHz 18c          | NO   |      72 |       384 | 0                              |  144 cores | Guest    | 
-| gpu             | wn41-wn42        | 2 Intel Xeon E5-2683v4 2.1 GHz 16c        | NO   |      32 |       256 | 6 P100                         |      12 GPU | Public   | +| cpu_guest       | wn22-wn25        | 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c          | NO   |      64 |       384 | 0                              |  256 cores | Guest    | 
-| gpu             | wn44             | 2 AMD EPYC 7352 2.3 GHz 24c               | NO   |      48 |       512 | 4 A100 40G                     |       4 GPU | Public   | +| cpu_guest       | wn27-wn30        | 4 AMD EPYC 7413 2.65GHz 24c               | NO   |      24 |       192 | 0                              | 256 cores  | Guest    | 
-| gpu             | wn45             | 2 AMD EPYC 7352 2.3 GHz 24c               | NO   |      48 |       512 | 8 A100 80G                     |       8 GPU | Public   | +| gpu             | wn41-wn42        | 2 Intel Xeon E5-2683v4 2.1 GHz 16c        | NO   |      32 |       256 | 6 P100                         |     12 GPU | Public   | 
-| gpu_hylab       | wn44             | 2 AMD EPYC 7352 2.3 GHz 24c               | NO   |      48 |       512 | 2 V100, 2 A100 80G             |       4 GPU | Private  | +| gpu             | wn44             | 2 AMD EPYC 7352 2.3 GHz 24c               | NO   |      48 |       512 | 4 A100 40G                     |      4 GPU | Public   | 
-| gpu_vbd         | wn46             | 2 AMD EPYC 7313 3.0 GHz 16c               | NO   |      32 |       512 | 3 A100 80G, 1 Quadro RTX 6000  |       4 GPU | Private  | +| gpu             | wn45             | 2 AMD EPYC 7352 2.3 GHz 24c               | NO   |      48 |       512 | 8 A100 80G                     |      8 GPU | Public   | 
-| gpu_vbd         | wn49             | 2 AMD EPYC 9354 3.25 GHz 32c              | NO   |      32 |       768 | 8 L40S 48G                     | 4 GPU       | Private  | +| gpu_hylab       | wn44             | 2 AMD EPYC 7352 2.3 GHz 24c               | NO   |      48 |       512 | 2 V100, 2 A100 80G             |      4 GPU | Private  | 
-| gpu_ibislab     | wn47             | 2 AMD EPYC 7413 2.65 GHz 24c              | NO   |      48 |       512 | 8 A30 24G                      |       8 GPU | Private  | +| gpu_vbd         | wn46             | 2 AMD EPYC 7313 3.0 GHz 16c               | NO   |      32 |       512 | 3 A100 80G, 1 Quadro RTX 6000  |      4 GPU | Private  | 
-| gpu_mm1         | wn48             | 2 AMD EPYC 7413 2.65 GHz 24c              | NO   |      48 |       512 | 8 RTX A5000 24G                |       8 GPU | Private  | +| gpu_vbd         | wn49             | 2 AMD EPYC 9354 3.25 GHz 32c              | NO   |      32 |       768 | 8 L40S 48G                     | 4 GPU      | Private  | 
-| gpu_guest       | wn44             | 2 AMD EPYC 7352 2.3 GHz 24c               | NO   |      48 |       512 | 2 V100, 2 A100 80G             |       4 GPU | Guest    | +| gpu_ibislab     | wn47             | 2 AMD EPYC 7413 2.65 GHz 24c              | NO   |      48 |       512 | 8 A30 24G                      |      8 GPU | Private  | 
-| gpu_guest       | wn46             | 2 AMD EPYC 7313 3.0 GHz 16c               | NO   |      32 |       512 | 3 A100 80G, 1 Quadro RTX 6000  |       4 GPU | Guest    | +| gpu_mm1         | wn48             | 2 AMD EPYC 7413 2.65 GHz 24c              | NO   |      48 |       512 | 8 RTX A5000 24G                |      8 GPU | Private  | 
-| gpu_guest       | wn47             | 2 AMD EPYC 7413 2.65 GHz 24c              | NO   |      48 |       512 | 8 A30 24G                      |       8 GPU | Guest    | +| gpu_fisstat     | wn50             | 2 Intel Xeon Gold 6426Y 16c               | NO   |      32 |       512 | 4 L40S 48G                     |            |          | 
-| gpu_guest       | wn48             | 2 AMD EPYC 7413 2.65 GHz 24c              | NO   |      48 |       512 | 8 RTX A5000 24G                |       8 GPU | Guest    | +| gpu_guest       | wn44             | 2 AMD EPYC 7352 2.3 GHz 24c               | NO   |      48 |       512 | 2 V100, 2 A100 80G             |      4 GPU | Guest    | 
-| knl             | wn51-wn54        | 1 Intel Xeon Phi 7250 1.4GHz 68c          | YES  |     272 |       192 | 0                              |  1088 cores | Public   | +| gpu_guest       | wn46             | 2 AMD EPYC 7313 3.0 GHz 16c               | NO   |      32 |       512 | 3 A100 80G, 1 Quadro RTX 6000  |      4 GPU | Guest    | 
-| vrt             | wn61-wn64        | 2 Intel Xeon Gold 6238R 2.2GHz 28c        | YES  |       8 |        64 | 0                              |    32 cores | Public   |+| gpu_guest       | wn47             | 2 AMD EPYC 7413 2.65 GHz 24c              | NO   |      48 |       512 | 8 A30 24G                      |      8 GPU | Guest    | 
 +| gpu_guest       | wn48             | 2 AMD EPYC 7413 2.65 GHz 24c              | NO   |      48 |       512 | 8 RTX A5000 24G                |      8 GPU | Guest    | 
 +| vrt             | wn61-wn64        | 2 Intel Xeon Gold 6238R 2.2GHz 28c        | YES  |       8 |        64 | 0                              |   32 cores | Public   |
  
 //[I nodi privati sono a disposizione dei proprietari attraverso code private (cpu_mm1, cpu_infn, gpu_hylab). Se i nodi sono liberi gli altri utenti possono accedere utilizzando code "guest" (cpu_guest, gpu_guest). I job in esecuzione nelle code guest vengono interrotti e risottomessi se arriva un job nella coda privata.]//  //[I nodi privati sono a disposizione dei proprietari attraverso code private (cpu_mm1, cpu_infn, gpu_hylab). Se i nodi sono liberi gli altri utenti possono accedere utilizzando code "guest" (cpu_guest, gpu_guest). I job in esecuzione nelle code guest vengono interrotti e risottomessi se arriva un job nella coda privata.]// 
Linea 141: Linea 142:
 | wn47       | NVIDIA Corporation Device 20b7 [A30 PCIe 24GB] (rev a1)     | | wn47       | NVIDIA Corporation Device 20b7 [A30 PCIe 24GB] (rev a1)     |
 | wn48       | NVIDIA Corporation Device 2231 [RTX A5000 24GB] (rev a1)    | | wn48       | NVIDIA Corporation Device 2231 [RTX A5000 24GB] (rev a1)    |
-| wn49       | NVIDIA Corporation Device ??? [L40S 48GB] (rev a1)          |+| wn49-wn50  | NVIDIA Corporation Device 26b9 [L40S 48GB] (rev a1)         | 
 +| wn51       | NVIDIA Corporation Device 2321 [H100 NVL 96GB] (rev a1)     |
  
 **Peak Performance** **Peak Performance**
  
-^ Code Nade                                                                                                                   ^ Device                                                                                                                                                                             ^ TFlops (d.p)  ^ notes                                                                          ^ +^ Code Nade                                                                                                                   ^ Device                                                                                                                                                                             ^ TFlops (d.p)  ^ notes                                                                           ^ 
-| [[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/codename/38530/products-formerly-broadwell.html| Broadwell]]         | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/91766/intel-xeon-processor-e52683-v4-40m-cache-2-10-ghz/specifications.html| 2 Intel Xeon E5-2683v4 2.1GHz 16c]]            |          0.54 | 2 x 16 (cores) x 2.1 (GHz) x 2 (add+mul) x 4 (256 bits AVX2 / 64 bits d.p.)    | +| [[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/codename/38530/products-formerly-broadwell.html| Broadwell]]         | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/91766/intel-xeon-processor-e52683-v4-40m-cache-2-10-ghz/specifications.html| 2 Intel Xeon E5-2683v4 2.1GHz 16c]]            |          0.54 | 2 x 16 (cores) x 2.1 (GHz) x 2 (add+mul) x 4 (256 bits AVX2 / 64 bits d.p.)     | 
-|                                                                                                                             | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/91754/intel-xeon-processor-e52680-v4-35m-cache-2-40-ghz/specifications.html| 2 Intel Xeon E5-2680v4 2.4GHz 14c]]            |          0.54 | 2 x 14 (cores) x 2.4 (GHz) x 2 (add+mul) x 4 (256 bits AVX2 / 64 bits d.p.)    | +|                                                                                                                             | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/91754/intel-xeon-processor-e52680-v4-35m-cache-2-40-ghz/specifications.html| 2 Intel Xeon E5-2680v4 2.4GHz 14c]]            |          0.54 | 2 x 14 (cores) x 2.4 (GHz) x 2 (add+mul) x 4 (256 bits AVX2 / 64 bits d.p.)     | 
-|                                                                                                                             | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/93792/intel-xeon-processor-e78880-v4-55m-cache-2-20-ghz/specifications.html| 4 Intel Xeon E7-8880v4 2.2GHz 22c]]            |          1.55 | 4 x 22 (cores) x 2.2 (GHz) x 2 (add+mul) x 4 (256 bits AVX2 / 64 bits d.p.)    | +|                                                                                                                             | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/93792/intel-xeon-processor-e78880-v4-55m-cache-2-20-ghz/specifications.html| 4 Intel Xeon E7-8880v4 2.2GHz 22c]]            |          1.55 | 4 x 22 (cores) x 2.2 (GHz) x 2 (add+mul) x 4 (256 bits AVX2 / 64 bits d.p.)     | 
-| [[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/codename/37572/products-formerly-skylake.html|Skylake]]              | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/120485/intel-xeon-gold-6140-processor-24-75m-cache-2-30-ghz/specifications.html| 4 Intel Xeon E5-6140 2.3GHz 18c]]          |          2.65 | 4 x 18 (cores) x 2.3 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)    | +| [[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/codename/37572/products-formerly-skylake.html|Skylake]]              | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/120485/intel-xeon-gold-6140-processor-24-75m-cache-2-30-ghz/specifications.html| 4 Intel Xeon E5-6140 2.3GHz 18c]]          |          2.65 | 4 x 18 (cores) x 2.3 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)     | 
-| [[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/codename/124664/products-formerly-cascade-lake.html| Cascade Lake]]  | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/193951/intel-xeon-gold-6252n-processor-35-75m-cache-2-30-ghz/specifications.html| 4 Intel Xeon E5-6252n 2.3 GHz 24c]]       |          3.53 | 4 x 24 (cores) x 2.3 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)    | +| [[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/codename/124664/products-formerly-cascade-lake.html| Cascade Lake]]  | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/193951/intel-xeon-gold-6252n-processor-35-75m-cache-2-30-ghz/specifications.html| 4 Intel Xeon E5-6252n 2.3 GHz 24c]]       |          3.53 | 4 x 24 (cores) x 2.3 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)     | 
-|                                                                                                                             | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/192444/intel-xeon-gold-5218-processor-22m-cache-2-30-ghz/specifications.html| 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c]]            |          2.36 | 4 x 16 (cores) x 2.3 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)    | +|                                                                                                                             | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/192444/intel-xeon-gold-5218-processor-22m-cache-2-30-ghz/specifications.html| 4 Intel Xeon E5-5218 2.3 GHz 16c]]            |          2.36 | 4 x 16 (cores) x 2.3 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)     | 
-|                                                                                                                             | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/199345/intel-xeon-gold-6238r-processor-38-5m-cache-2-20-ghz/specifications.html| 2 Intel Xeon Gold 6238R 2.2GHz 28c]]       |          0.56 | 2 x8 (cores) x 2.2 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)      | +|                                                                                                                             | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/199345/intel-xeon-gold-6238r-processor-38-5m-cache-2-20-ghz/specifications.html| 2 Intel Xeon Gold 6238R 2.2GHz 28c]]       |          0.56 | 2 x8 (cores) x 2.2 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)       | 
-| [[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/codename/74979/products-formerly-ice-lake.html| Ice Lake]]           | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/215270/intel-xeon-silver-4316-processor-30m-cache-2-30-ghz/specifications.html| 2 Intel Xeon Silver 4316 CPU 2.3 GHz 20c]]  |          1.47 | 2 x 20 (cores) x 2.3 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)    | +| [[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/codename/74979/products-formerly-ice-lake.html| Ice Lake]]           | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/215270/intel-xeon-silver-4316-processor-30m-cache-2-30-ghz/specifications.html| 2 Intel Xeon Silver 4316 CPU 2.3 GHz 20c]]  |          1.47 | 2 x 20 (cores) x 2.3 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)     | 
-| [[https://www.amd.com/en/processors/epyc-7002-series| Rome]]                                                                | [[https://www.amd.com/en/products/cpu/amd-epyc-7282| 2 AMD EPYC 7282 2.8 GHz 16c]]                                                                                                 |          1.43 | 2 x 16 (cores) x 2.8 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (2x256 bits AVX2 / 64 bits d.p.)  | +| [[https://www.amd.com/en/processors/epyc-7002-series| Rome]]                                                                | [[https://www.amd.com/en/products/cpu/amd-epyc-7282| 2 AMD EPYC 7282 2.8 GHz 16c]]                                                                                                 |          1.43 | 2 x 16 (cores) x 2.8 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (2x256 bits AVX2 / 64 bits d.p.)   | 
-| [[https://ark.intel.com/content/www/us/en/ark/products/codename/48999/knights-landing.html| Knights Landing]]               | [[https://www.intel.com/content/www/us/en/products/sku/94035/intel-xeon-phi-processor-7250-16gb-1-40-ghz-68-core/specifications.html| 1 Intel Xeon Phi 7250 1.4GHz 68c]]           |          1.52 | 1 x 68 (cores) x 1.4 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (512 bits AVX2 / 64 bits d.p.)    | +| [[https://www.amd.com/en/processors/epyc-7003-series| Milan]]                                                               | [[https://www.amd.com/en/products/processors/server/epyc/7003-series/amd-epyc-7413.html| 1 AMD EPYC 7413 2.65 GHz 24c]]                                                            |          1.02 | 1 x 24 (cores) x 2.65 (GHz) x 2 (add+mul) x 8 (2x256 bits AVX2 / 64 bits d.p.)  | 
-|                                                                                                                             | 1 GPU [[https://www.nvidia.com/content/dam/en-zz/Solutions/design-visualization/quadro-product-literature/quadro-rtx-6000-us-nvidia-704093-r4-web.pdf| Quadro RTX 6000]]           |          0.51 | 16.3 TFlops single, 32.6 TFlops half/tensor                                    | +|                                                                                                                             | 1 GPU [[https://www.nvidia.com/content/dam/en-zz/Solutions/design-visualization/quadro-product-literature/quadro-rtx-6000-us-nvidia-704093-r4-web.pdf| Quadro RTX 6000]]           |          0.51 | 16.3 TFlops single, 32.6 TFlops half/tensor                                     | 
-|                                                                                                                             | 1 GPU  [[http://www.nvidia.com/object/tesla-p100.html|P100]]                                                                                                                       |          4.70 | 9.3 TFlops single, 18.7 TFlops half/tensor                                     | +|                                                                                                                             | 1 GPU  [[http://www.nvidia.com/object/tesla-p100.html|P100]]                                                                                                                       |          4.70 | 9.3 TFlops single, 18.7 TFlops half/tensor                                      | 
-|                                                                                                                             | 1 GPU  [[https://www.nvidia.com/en-us/data-center/tesla-v100/|V100]]                                                                                                               |          7.00 | 14 TFlops single, 112 TFlops half/tensor                                       | +|                                                                                                                             | 1 GPU  [[https://www.nvidia.com/en-us/data-center/tesla-v100/|V100]]                                                                                                               |          7.00 | 14 TFlops single, 112 TFlops half/tensor                                        | 
-|                                                                                                                             | 1 GPU  [[https://www.nvidia.com/en-us/data-center/a100/|A100]]                                                                                                                     |          9.70 | 19.5 TFlops single, 312 TFlops half/tensor                                     | +|                                                                                                                             | 1 GPU  [[https://www.nvidia.com/en-us/data-center/a100/|A100]]                                                                                                                     |          9.70 | 19.5 TFlops single, 312 TFlops half/tensor                                      | 
-|                                                                                                                             | 1 GPU [[https://www.nvidia.com/it-it/data-center/products/a30-gpu|A30]]                                                                                                            |          5.20 | 10.3  TFlops single, 165 TFlops half/tensor                                    | +|                                                                                                                             | 1 GPU [[https://www.nvidia.com/it-it/data-center/products/a30-gpu|A30]]                                                                                                            |          5.20 | 10.3  TFlops single, 165 TFlops half/tensor                                     | 
-|                                                                                                                             | 1 GPU [[https://www.nvidia.com/it-it/design-visualization/rtx-a5000|RXT A5000]]                                                                                                    |          0.42 | 27.8  TFlops single, 222.2 TFlops half/tensor                                  | +|                                                                                                                             | 1 GPU [[https://www.nvidia.com/it-it/design-visualization/rtx-a5000|RXT A5000]]                                                                                                    |          0.42 | 27.8  TFlops single, 222.2 TFlops half/tensor                                   | 
-|                                                                                                                             | 1 GPU[[https://resources.nvidia.com/en-us-l40s/l40s-datasheet-28413?ncid=no-ncid|L40S]]                                                                                            |           N/A | 91.6  TFlops single, 366 TFlops half/tensor                                    |+|                                                                                                                             | 1 GPU[[https://resources.nvidia.com/en-us-l40s/l40s-datasheet-28413?ncid=no-ncid|L40S]]                                                                                            |           N/A | 91.6  TFlops single, 366 TFlops half/tensor                                     |
  
 [[http://cm01.hpc.unipr.it/ganglia/|Nodes Usage]] (intranet: authorized users only) [[http://cm01.hpc.unipr.it/ganglia/|Nodes Usage]] (intranet: authorized users only)
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 | cpu_guest       | cpu_guest       | wn[20-26]              |   440 core |   1-00:00:00 |           24 |         200 |          4 | Guest     | | cpu_guest       | cpu_guest       | wn[20-26]              |   440 core |   1-00:00:00 |           24 |         200 |          4 | Guest     |
 | gpu             | gpu             | wn[41-42,44-45]        |     24 gpu |   1-00:00:00 |            6 |        2000 |          4 | Public    | | gpu             | gpu             | wn[41-42,44-45]        |     24 gpu |   1-00:00:00 |            6 |        2000 |          4 | Public    |
-| gpu_vbd         | gpu_vbd         | wn[46,49]              |     12 gpu |  14-00:00:00 |            6 |        2000 |          2 | Private   |+| gpu_vbd         | gpu_vbd         | wn[46,49,51]           |     14 gpu |  14-00:00:00 |            6 |        2000 |          2 | Private   |
 | gpu_hylab       | gpu_hylab       | wn44                   |      4 gpu |   3-00:00:00 |            4 |        2000 |          1 | Private   | | gpu_hylab       | gpu_hylab       | wn44                   |      4 gpu |   3-00:00:00 |            4 |        2000 |          1 | Private   |
 +| gpu_fisstat     | gpu_fisstat     | wn50                   |      4 gpu |   7-00:00:00 |            4 |        2000 |          1 | Private   |
 | gpu_guest       | gpu_guest       | wn[44,46]              |      8 gpu |   1-00:00:00 |            6 |         200 |          2 | Guest     | | gpu_guest       | gpu_guest       | wn[44,46]              |      8 gpu |   1-00:00:00 |            6 |         200 |          2 | Guest     |
-| knl             | knl             | wn[51-54]              |  1088 core |  14-00:00:00 |           16 |        2000 |          4 | Public    | 
 | vrt             | vrt             | wn[61-64]              |     1 core |  10-00:00:00 |           24 |        2000 |          1 | Public    | | vrt             | vrt             | wn[61-64]              |     1 core |  10-00:00:00 |           24 |        2000 |          1 | Public    |
 | mngt            |                 | all                    |            | UNLIMITED    |              |             |            | Admin     | | mngt            |                 | all                    |            | UNLIMITED    |              |             |            | Admin     |
Linea 327: Linea 329:
 hpc-sinfo-cpu --partition=cpu hpc-sinfo-cpu --partition=cpu
 hpc-sinfo-cpu --partition=cpu_guest hpc-sinfo-cpu --partition=cpu_guest
-hpc-sinfo-cpu --partition=knl 
 hpc-sinfo-gpu --partition=gpu hpc-sinfo-gpu --partition=gpu
 hpc-sinfo-gpu --partition=gpu_guest hpc-sinfo-gpu --partition=gpu_guest
Linea 339: Linea 340:
 hpc-squeue --partition=cpu hpc-squeue --partition=cpu
 hpc-squeue --partition=cpu_guest hpc-squeue --partition=cpu_guest
-hpc-squeue --partition=knl 
 hpc-squeue --partition=gpu hpc-squeue --partition=gpu
 hpc-squeue --partition=gpu_guest hpc-squeue --partition=gpu_guest
Linea 608: Linea 608:
 <code> <code>
 srun --nodes=1 --nodelist=wn34 --pty bash srun --nodes=1 --nodelist=wn34 --pty bash
-</code> 
- 
-Reserve 1 chunk of 272 CPUs type KNL (a whole KNL node): 
-<code bash> 
-srun --nodes=1 --ntasks-per-node=272 --partition=knl --qos=knl --mem=8G --pty bash 
 </code> </code>
  
Linea 1135: Linea 1130:
 sbatch matrix-vector-product.sh sbatch matrix-vector-product.sh
 </code> </code>
- 
-=====  KNL jobs ===== 
- 
-The compiler to be used is Intel. 
- 
-The selection of the KNL cluster is done by specifying ''-p knl''. 
- 
-Each knl node includes 68  physical core and each physical core includes 4 virtual cores with hyperthreading technology. The maximum number of cores (ncpus) selectable per node is 272. 
- 
-MPI + OpenMP example on KNL: 
- 
-   cp /hpc/share/samples/mpi+omp/mpiomp_hello.c . 
- 
-<code c mpiomp_hello.c> 
-#include <stdio.h> 
-#include <mpi.h> 
-#include <omp.h> 
- 
-int main(int argc, char *argv[]) { 
-  int numprocs, rank, namelen; 
-  char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME]; 
-  int iam = 0, np = 1; 
- 
-  MPI_Init(&argc, &argv); 
-  MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &numprocs); 
-  MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank); 
-  MPI_Get_processor_name(processor_name, &namelen); 
- 
-#pragma omp parallel default(shared) private(iam, np) 
-  { 
-    np = omp_get_num_threads(); 
-    iam = omp_get_thread_num(); 
-    printf("Hello from thread %3d out of %3d from process %3d out of %3d on %s\n", 
-           iam + 1, np, rank + 1, numprocs, processor_name); 
-  } 
- 
-  MPI_Finalize(); 
-} 
-</code> 
- 
-Sumbission script ''mpiomp_hello_knl.bash'' 
- 
-<code bash mpiomp_hello_knl.bash> 
-#!/bin/sh 
- 
-#< 2  nodes. Executes 1 MPI process per node and 68 threads per process 
- 
-#SBATCH --partition=knl 
-#SBATCH --qos=knl 
-#SBATCH --nodes=2 
-#SBATCH --ntasks=2 
-#SBATCH --cpus-per-task=68      #< Number of threads OpenMP for each process MPI 
-#SBATCH --time=0-00:30:00 
-#SBATCH --mem=4G 
- 
-## Uncomment the following line if you want to use an account other than your default account  
-##SBATCH --account=<account>  
-  
-export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK 
- 
-module load intel intelmpi 
-mpicc -qopenmp mpiomp_hello.c -o mpiomp_hello_knl 
-mpirun mpiomp_hello_knl 
-</code> 
- 
-===Submission=== 
- 
-  sbatch mpiomp_hello_knl.bash  
  
 ===== GPU jobs =====  ===== GPU jobs ===== 
Linea 1508: Linea 1435:
  
 ===== Applications ===== ===== Applications =====
 +
 +==== Alphafold ==== 
 +
 +[[calcoloscientifico:userguide:alphafold|{{:calcoloscientifico:userguide:alphafold.jpg?nolink&200|Alphafold}}]]
  
 ==== Mathematica ====  ==== Mathematica ==== 
Linea 1542: Linea 1473:
 [[calcoloscientifico:userguide:crystal|{{:calcoloscientifico:userguide:crystal.jpg?nolink&200|Crystal}}]] [[calcoloscientifico:userguide:crystal|{{:calcoloscientifico:userguide:crystal.jpg?nolink&200|Crystal}}]]
  
-==== Desmond ====+==== Schrodinger ====
  
 /* /*
-[[calcoloscientifico:userguide:applications:desmond|Desmond]]+[[calcoloscientifico:userguide:applications:schrodinger|Schrodinger]]
 */ */
  
-[[calcoloscientifico:userguide:desmond|{{:calcoloscientifico:userguide:desmond.jpg?nolink&200|Desmond}}]]+[[calcoloscientifico:userguide:schrodinger|{{:calcoloscientifico:userguide:schrodinger.jpg?nolink&200|Schrodinger}}]]
  
 ==== Abaqus ==== ==== Abaqus ====
Linea 1630: Linea 1561:
  
 [[calcoloscientifico:cluster:softwareapplicativo:fds|FDS]] [[calcoloscientifico:cluster:softwareapplicativo:fds|FDS]]
- 
  
 ==== SRA Toolkit ==== ==== SRA Toolkit ====
Linea 1643: Linea 1573:
  
 [[calcoloscientifico:userguide:castep|{{:calcoloscientifico:userguide:castep.jpg?nolink&200|castep}}]] [[calcoloscientifico:userguide:castep|{{:calcoloscientifico:userguide:castep.jpg?nolink&200|castep}}]]
 +
 +==== GAMESS ====
 +
 +[[calcoloscientifico:userguide:gamess|{{:calcoloscientifico:userguide:gamess.jpg?nolink&200|gamess}}]]
 +
 +==== Blender ====
 +
 +[[calcoloscientifico:userguide:blender|{{:calcoloscientifico:userguide:blender.jpg?nolink&200|blender}}]]
  
 ===== Libraries ==== ===== Libraries ====
calcoloscientifico/userguide.1720705146.txt.gz · Ultima modifica: 11/07/2024 15:39 da federico.prost
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