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calcoloscientifico:userguide:gromacs

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Linea 22: Linea 22:
 ^ Gromacs  ^ Plumed  ^ Compiler   ^ MPI             ^ CUDA SDK  ^ CUDA RTL  ^ CUDA Architectures  ^ ^ Gromacs  ^ Plumed  ^ Compiler   ^ MPI             ^ CUDA SDK  ^ CUDA RTL  ^ CUDA Architectures  ^
 | 4.5.7    |         | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | | 4.5.7    |         | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     |
-| 5.1.4    | 2.4.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | +| 5.1.4    | 2.3.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | 
-| 5.1.5    | 2.4.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | +| 5.1.5    | 2.3.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  |           |           |                     | 
-| 2016.4   | 2.4.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 8.0.61.2  | 8.0.61.2  | 6.0                 | +| 2016.4   | 2.3.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | 
-| 2016.6   | 2.4.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 8.0.61.2  | 8.0.61.2  | 6.0                 |+| 2016.6   | 2.3.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            |
 | 2018.6   | 2.4.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | | 2018.6   | 2.4.8   | GNU 5.4.0  | OpenMPI 1.10.7  | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            |
 | 2018.6   | 2.4.8   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            | | 2018.6   | 2.4.8   | GNU 7.3.0  | OpenMPI 3.1.4   | 10.0.130  | 10.0.130  | 6.0, 7.0            |
Linea 245: Linea 245:
 </note> </note>
  
-=== Gromacs 5.1.4 ===+=== Gromacs 5.1.5 ===
  
 Script ''mdrun-mpi-omp.sh'' to exclusively request one or more nodes (tested with --nodes=1 and --nodes=2) and start multiple MPI processes (tested with --ntasks-per-node=6 and --ntasks-per-node=8; the number of OpenMP threads will be calculated automatically if --cpus-per-task is not explicitly set): Script ''mdrun-mpi-omp.sh'' to exclusively request one or more nodes (tested with --nodes=1 and --nodes=2) and start multiple MPI processes (tested with --ntasks-per-node=6 and --ntasks-per-node=8; the number of OpenMP threads will be calculated automatically if --cpus-per-task is not explicitly set):
Linea 268: Linea 268:
 module load gnu module load gnu
 module load openmpi module load openmpi
-module load gromacs/5.1.4-cpu+module load gromacs/5.1.5-cpu
  
 # Set OMP_NUM_THREADS to the same value as --cpus-per-task with a fallback in # Set OMP_NUM_THREADS to the same value as --cpus-per-task with a fallback in
calcoloscientifico/userguide/gromacs.1695571315.txt.gz · Ultima modifica: 24/09/2023 18:01 da fabio.spataro
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