calcoloscientifico:userguide:amber
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|---|---|---|---|
| Linea 5: | Linea 5: | ||
| === sander === | === sander === | ||
| - | Script '' | + | Script '' |
| <code bash slurm-amber-20-cpu.sh> | <code bash slurm-amber-20-cpu.sh> | ||
| Linea 67: | Linea 67: | ||
| </ | </ | ||
| - | ==== pdb4amber | + | === pdb4amber === |
| Run the following commands on the login node to open a shell on the compute node: | Run the following commands on the login node to open a shell on the compute node: | ||
| - | < | + | < |
| srun \ | srun \ | ||
| --nodes=1 \ | --nodes=1 \ | ||
| Linea 85: | Linea 85: | ||
| </ | </ | ||
| - | As usual the argument to the '' | + | As usual the argument to the |
| - | On the compute node: | + | < |
| + | --account=< | ||
| + | </ | ||
| + | |||
| + | option must be the account you intend to use. | ||
| + | |||
| + | On the compute node run a shell within the '' | ||
| - | < | + | < |
| module load apptainer/ | module load apptainer/ | ||
| module load amber/ | module load amber/ | ||
| Linea 96: | Linea 102: | ||
| </ | </ | ||
| - | Inside the container: | + | Inside the container |
| - | < | + | < |
| pdb4amber | pdb4amber | ||
| </ | </ | ||
calcoloscientifico/userguide/amber.1679333861.txt.gz · Ultima modifica: 20/03/2023 18:37 da fabio.spataro