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calcoloscientifico:userguide:alphafold

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Linea 20: Linea 20:
 mkdir -p demo/af_input mkdir -p demo/af_input
 cp -p /hpc/share/containers/apptainer/alphafold/3/af_input/fold_input.json demo/af_input cp -p /hpc/share/containers/apptainer/alphafold/3/af_input/fold_input.json demo/af_input
-cp -p /hpc/share/containers/apptainer/alphafold/3.0.1/slurm-alphafold-gpu-a100_80g.sh demo+cp -p /hpc/share/containers/apptainer/alphafold/3.0.1/slurm-alphafold-gpu-a100_40g.sh demo
 cd demo cd demo
-sbatch slurm-alphafold-gpu-a100_80g.sh+sbatch slurm-alphafold-gpu-a100_40g.sh
 </code> </code>
  
Linea 46: Linea 46:
 </code> </code>
  
-Script ''slurm-alphafold-gpu-a100_80g.sh'' to run ''alphafold'' on 1 node with 1 A100 (80 GB) GPU (8 tasks per node):+Script ''slurm-alphafold-gpu-a100_40g.sh'' to run ''alphafold'' on 1 node with 1 A100 (40 GB) GPU (8 tasks per node):
  
-<code bash slurm-alphafold-gpu-a100_80g.sh>+<code bash slurm-alphafold-gpu-a100_40g.sh>
 #!/bin/bash --login #!/bin/bash --login
 #SBATCH --job-name=alphafold #SBATCH --job-name=alphafold
Linea 60: Linea 60:
 #SBATCH --partition=gpu #SBATCH --partition=gpu
 #SBATCH --qos=gpu #SBATCH --qos=gpu
-#SBATCH --gres=gpu:a100_80g:1+#SBATCH --gres=gpu:a100_40g:1
 ##SBATCH --account=<account> ##SBATCH --account=<account>
  
calcoloscientifico/userguide/alphafold.1738865966.txt.gz · Ultima modifica: 06/02/2025 19:19 da fabio.spataro

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